Les Trous empoisonnés sont des structures apparaissant naturellement dans les biomes marais exclusifs au DLC Shipwrecked.
Approximativement toutes les 3.5 secondes, le trou empoisonné lâche un nuage de gaz empoisonnant tout personnage ou créatures se trouvant dessus à ce moment. Il est possible de s'en protéger en portant un purificateur d'air, à noter que WX-78 est immunisé au poison et n'a donc pas besoin d'une quelconque protection.
Les trous peuvent être creusés avec une pelle, les détruisant définitivement. Ils peuvent alors lâcher une glande venimeuse ou une pourriture.
