Le biome Forêt tropicale profonde (ou Deep Rainforest) est un biome exclusif au DLC Hamlet. Il est toujours connecté à un biome Forêt tropicale et un biome Forêt tropicale gazée.
Il se caractérise par son sol rouge ressemblant à une feuille, ses arbres abondants de la forêt tropicale, ses grandes lianes, ses orties et ses Anciennes ruines porcines. Il existe également quelques effets esthétiques, tels que des ombres de feuilles projetées sur le sol, accompagnées d'un effet de feuillage sur les côtés de l'écran qui bruissent avec le mouvement du joueur. Être sous la canopée déclenchera également sa musique d'ambiance spécifique, qui ne s’arrêtera pas tant que le joueur n’aura pas quitté la canopée.
Le biome Forêt tropicale profonde est plus dangereux que la plupart des autres biomes. En plus de la visibilité limitée, on y trouve beaucoup de créatures hostiles : les Lianes pendantes, les Claque-dents, les Claque-dents géantes et les Singes-araignées peuvent être trouvées ici.
Les deux ruines menant aux autres îles sont situées dans le biome de la forêt tropicale profonde et sont reconnaissables à leur porte couverte de vignes :
- La porte menant à l'île de la fontaine de la jeunesse a un rocher sur le dessus.
- La porte menant à l'île du palais a une statue de cochon sur le dessus.
Le sol des forêts tropicales profondes ne peut pas être déterré avec une fourche. Les perroquets ne sont que des oiseaux qui atterrissent sur ce biome.